1965-1986 yılları arasında 21 yıl Filipinler devlet başkanlığı görevindeydi. Tarihe, kurduğu otori-ter rejim, yolsuzluklar ve baskı uygulamaları ve karısının ayakkabı koleksiyonu ile geçti.   Siyasette güçlenmek için Filipin direniş hareketinin önderlerinden biri olduğunu iddia etti ancak resmi ABD arşivleri Marcos’un, 2. Dünya savaşı sırasında Japonlara karşı yürütülen mücadelede hemen hiçbir rolünün bulunmadığını ortaya koydu.   1965 seçimlerini kazanarak başkanlık görevini üstlendi. 1969’da yeniden seçilerek Filipinler’de bu görevi iki dönem üst üste sürdüren ilk başkan oldu. Zamanla güçlü öğrenci gösterileri ve kent gerillasının yükselen mücadelesiyle karşılaştı. 1972’de ‘komünist ve yıkıcı güçler’i gerekçe göstererek sıkıyönetim ilan etti. Hızla hareket ederek muhalif politikacıları tutukladı ve silahlı kuvvetleri rejimin bir baskı aracı haline getirdi.   Marcos sıkıyönetim döneminde gözaltına alınmak için hakim kararı güvencesini ortadan kaldırmak da içinde olmak üzere birçok olağanüstü yetkiyi elinde topladı. 1973’te ilan ettiği yeni anayasayla yetkilerini artırdı ve parlamenter bir sistem oluşturarak başbakanlığı da üstlendi. 1981’de sıkıyönetimi kaldırdıysa da otoriter yönetimini sürdürdü. 16 Haziran 1981’de yapılan seçimlerde yalnızca görünüşte kalan bir muhalefete karşı seçimleri kazandı ve 30 Haziran’da altı yıllık bir dönem için yeniden devlet başkanı oldu. 1954’te evlendiği eski güzellik kraliçelerinden İmelda Marcos, 1972’de başlayan sıkıyönetim döneminde yönetimin güçlü kişilerinden biri durmuna geldi; Manila valiliği ile konut ve çevre bakanlığı görevlerini üstlendiği dönemde kamu yönetimindeki ve sanayi işletmelerindeki yüksek gelirli mavkilere akrabalarını getirmesi yüzünden yoğun biçimde eleştirildi.   1983’e gelindiğinde muhalefet hareketi oldukça büyümüştü. Marcos 1986’da yapılan seçimleri kazandığını ilan ettiyse de, seçimlere hile karıştırdığı ortadaydı. Bu arada Filipin ordusu Marcos yandaşlarıyla başkanlığın Aquino’nu yasal hakkı olduğunu savunanlar arasında bölündü. Artan gerginlik, ancak ABD’nin desteğini çekmesinden sonra Marcos 25 Şubat 1986’da ülkesinden ayrılarak Hawaii’ye gitmesi üzerine sona erdi.   Daha sonra elde edilen kanıtlar, Marcos ve ailesi ile yakın çevrelerinin iktidarları döneminde çeşitli yolsuzluklarla Filipinler ekonomisine milyarlarca dolarlık zarara soktuklarını ortaya koydu.   Filipinler’de kurdukları tiranlığı tam 20 yıl yöneten karı-koca Marcosların sonu, gerçekten herkes için ibret verici. Diktatör Marcos, sıkıyönetim ilan etmiş, rakiplerini tutuklatmış, başkanlık sistemine geçip bütün yetkileri kendi elinde toplamış, eşini de Başkent valiliğine atamıştı.   Marcoslar ülkelerini tüm ailesiyle birlikte soyup soğana çevirmişti. Filipin halkı açlık ve sefalet içinde kıvranırken onlar servetlerine servet katıyor ve para-ları yurt dışına kaçırıyorlardı...   Sonra, Amerika, 40 yıllık dostunu 40 dakika içinde harcayıverdi. Manila’daki başkanlık sarayının damına 4 Amerikan helikopteri indi ve Marcosları kaçırmak üzere havalandı. Hawai’ye indiklerinde ABD Başkanı Aktör Reagan televizyonda şunları söylüyordu:   “Bugün Filipinler halkı demokrasinin yeniden doğuşunu kutluyor.” Ferdinand Marcos sürgünde öldü.